Главный герой – покемон Мьюту, созданный в секретной лаборатории для уничтожения человечества. Узнав об этой миссии, он восстаёт против своих создателей.

Пэкмену придется сражаться с привидениями под предводительством призрака Битрейуса, которые попытаются завоевать Пэк-мир. Противостоять им сможет лишь последний желтый обитатель этой вселенной, которым и является герой.

Земля, год 2065... Планета в страшной опасности. На родину человечества напали монстры-фантомы из космоса, которым невозможно противостоять. Полупрозрачные чудовища, более похожие на порождения галлюцинирующего мозга, уже истребили большую часть человечества и скоро их господство над Землей станет полным. Судьба мира в руках горстки смельчаков - ученой Аки Росс, доктора Сиди