Мотоко и вновь созданный 9-й отдел общественной безопасности должны разыскать вирус, известный как «Поджигатель», поражающий кибермозги.

Мотоко и Бато пытаются остановить террористическую организацию, символом которой является Сцилла. Тем временем Тогуса расследует убийство человека, который носил протез ноги, изготовленный корпорацией «Нога Русалки».

Освободившись от своих обязанностей в подразделении 501, Мотоко Кусанаги теперь должна научиться принимать приказы от Арамаки. Кто-то взламывает системы защиты госбезопасности, и Бато обращается за помощью к бывшему офицеру военной разведки Исикаве и бывшему эксперту по воздушной артиллерии Борме. Кусанаги также стремится заручиться помощью снайпера Сайто и тайного агента

События фильма разворачиваются через год после Четвертой мировой войны. Киборг-хакер экстраординарный Мотоко Кусанаги из 501-го секретного военного подразделения оказывается вовлечен в расследование событий, связанных с разрушительной бомбардировкой.

После смерти родителей Мираи Какэхаси остается на попечении жестоких родственников, которые над ним издеваются. Решив покончить с собой, он прыгает с крыши, но его спасает крылатая девушка Нассэ. Она представляется ангелом-хранителем юноши и обещает ему безграничное счастье. Так Мираи обретает суперсилы и шанс стать новым Богом - для этого нужно в течение 999 дней победить

После окончания очередной мировой войны наука сделала невероятные шаги - теперь каждый человек может продлевать свою жизнь с помощью кибернетических частей тела. Все жители планеты связаны в общую сеть под названием Призраки, и широко распространились кибератаки на отдельных людей с целью кражи их памяти и тел. После убийства премьер-министра Японии майор Мотоко Кусанаги и её

В недалеком 2029 году сети и компьютеры развились до того, что появилась возможность создавать высокотехнологичных киборгов с полной интеграцией в Сеть. Главная героиня Кусанаги Мотоко - киборг, с человеческим разумом внутри кибернетического тела, майор Девятого отдела, созданного для спецопераций правительства. В Сети объявляется некий Кукловод, манипулирующий людьми через