События происходят по прошествии двух лет со дня окончания воины между EAF (натуралами) и PLANT (координаторами). Между ними установился шаткий мир. Но недовольные этим миром есть как с одной, так и с другой стороны. Группа таких «недовольных» координаторов приводит в движение разрушенную колонию Юниус 7 и направляет её прямиком на Землю. Падение её вызовет уничтожение

«Параллельная» современная Япония. Префектура Ф, город Ф. Совершенная Тайная Организация «Акросс» под руководством рокового красавца Ильпалаццио готовится захватить мир и очистить его от скверны. Первым шагом к достижению этой Великой Цели Ильпалаццио считает захват города Ф. В распоряжении Ильпалаццио находятся двое подчиненных: гиперактивная Эксель, которой движет

В 2225 году человечество удачно колонизирует все планеты солнечной системы, а путешествие в космосе становится обычным явлением. Действие происходит на космической станции «Либэ Дельта», расположенной на орбите Земли, в которой проходят обучение будущие пилоты космических кораблей. Кодзи Айба, 16-ти летний парень отправляется, вместе со своей подругой детства Аой и младшим